Được phát hiện bởi Tiến sĩ Yellapragada Subbarow, loại thuốc này được Sidney Farber sử dụng lần đầu tiên vào năm 1947 để gây ra sự thuyên giảm ở trẻ em mắc bệnh bạch cầu.[2][3] Aminopterin sau đó đã được đưa ra thị trường bởi Phòng thí nghiệm Lederle (Pearl River, New York) tại Hoa Kỳ từ năm 1953 đến 1964 để chỉ định bệnh bạch cầu ở trẻ em. Các methotrexate antifolate liên quan chặt chẽ đã được công ty đồng thời đưa ra thị trường trong cùng thời gian. Aminopterin đã bị ngưng bởi Phòng thí nghiệm Lederle vì ủng hộ methotrexate do những khó khăn trong sản xuất trước đây.

Trong thời gian Aminopterin được bán trên thị trường, đại lý đã được sử dụng ngoài nhãn hiệu để điều trị an toàn cho hơn 4.000 bệnh nhân bị bệnh vẩy nến ở Hoa Kỳ, tạo ra các vết thương rõ rệt.[4]

Việc sử dụng aminopterin trong điều trị ung thư đã được thay thế vào những năm 1950 bởi methotrexate do chỉ số điều trị tốt hơn sau này trong mô hình khối u gặm nhấm.[5] Bây giờ trong một chế phẩm tinh khiết hơn và được hỗ trợ bởi bằng chứng trong phòng thí nghiệm về sự hấp thu tế bào khối u vượt trội trong ống nghiệm, aminopterin đang được nghiên cứu trong các thử nghiệm lâm sàng trong bệnh bạch cầu như là một chất chống nấm có khả năng vượt trội so với methotrexate.[6]

Các hợp chất đã được khám phá như một chất phá thai trong những năm 1960 và trước đó, nhưng có liên quan đến dị tật bẩm sinh.[7] Những bất thường bẩm sinh tương tự đã được ghi nhận với methotrexate, và các tác dụng gây quái thai của chúng đã được gọi là hội chứng aminopterin của thai nhi. Khi một cụm bất thường tương tự xuất hiện trong trường hợp không tiếp xúc với thuốc chống nấm, nó được gọi là hội chứng giống aminopterin mà không có aminopterin.[8]

Mặc dù việc sử dụng các aminopterin như một rodenticide được khẳng định rộng rãi trên web và các nơi khác, không có bằng chứng rằng nó đã từng được sử dụng cho mục đích đó hoặc là ở Hoa Kỳ hay ở những nơi khác trên thế giới.[9] Việc chuẩn bị các phân tử là phức tạp và đắt tiền. Nó cũng không ổn định trong môi trường do suy thoái bởi ánh sáng và nhiệt. Hiệp hội aminopterin bị nhầm lẫn rõ ràng với việc sử dụng nó như một loại thuốc diệt chuột có khả năng bắt nguồn từ một bằng sáng chế năm 1951 được cấp cho Công ty Cyanamid của Mỹ (sau đó là công ty cổ phần của Phòng thí nghiệm Lederle) thường được trích dẫn bởi nhiều sách giáo khoa tham khảo.[10] Aminopterin có LD Lo đơn liều 2,5   mg/kg khi dùng đường uống cho chuột.[11]

Aminopterin được sử dụng rộng rãi trong môi trường chọn lọc (như môi trường HAT) để nuôi cấy tế bào, đặc biệt là trong sự phát triển của các tế bào lai, tiết ra các kháng thể đơn dòng.